O tym, jak powinny być organizowane szkolne rekolekcje, mówi rozporządzenie Ministra Edukacji Narodowej w sprawie warunków i sposobu organizowania nauki religii w publicznych przedszkolach i szkołach. W tym dokumencie jasno podano zasady organizowania, jak i uczestniczenia w tych spotkaniach religijnych. Co się z tym wiąże, uczniowie muszą spełnić trzy warunki, aby wziąć udział w rekolekcjach.
Zgodnie z zapisem w art. 10 wyżej wymienionego rozporządzenia na rekolekcje mogą iść tylko uczniowie, którzy spełnili trzy warunki. Są one następujące:
Poza tym "w czasie trwania rekolekcji szkoła nie jest zwolniona z realizowania funkcji opiekuńczej i wychowawczej". Oznacza to, że zajęcia powinny się odbywać normalnie, a same spotkania religijne należy organizować dopiero po lekcjach. To jednak nadal dość rzadka praktyka, a uczniowie często chodzą na nauki w trakcie zajęć.
Wspomnieliśmy powyżej, że uczestniczenie w rekolekcjach to przywilej, a nie obowiązek. Co za tym idzie, szkoły nie mogą: zmuszać uczniów i nauczycieli do uczestniczenia w rekolekcjach, a także sprawdzać obecności podczas spotkań religijnych, czy oczekiwać od nauczycieli pilnowania uczniów podczas rekolekcji.