Powstanie SIS w 1993 roku zbiegło się z narodzinami niepodległej Republiki Słowackiej. Nowa służba miała stanowić nowoczesny instrument bezpieczeństwa państwa, zrywający z komunistyczną przeszłością. W rzeczywistości jednak od początku ciążyło nad nią dziedzictwo Štátnej bezpečnosti (ŠtB) – czechosłowackiej policji politycznej, której kadry i metody działania częściowo przeniknęły do struktur SIS.