Z sercem do sercowców

Przygotowując się do rozmowy, znalazłem panią pod adresem: Zakład Immunologii Klinicznej, Instytut Pediatrii, Wydział Lekarski Uniwersytetu Jagiellońskiego. Wyszukiwarki Google’a dały radę?

- Dały. Z Uniwersytetem Jagiellońskim byłam związana kilka lat. Praca wymagała ode mnie małego "przebranżowienia się" i z typowego biotechnologa pracującego w laboratorium stałam się bioinformatykiem. Mój ówczesny projekt skupiał się wokół badania zapalenia mięśnia sercowego z wykorzystaniem sekwencjonowania RNA na poziomie pojedynczej komórki. Nieodłączną częścią tej metody jest zaawansowana analiza bioinformatyczna. Wtedy też wzięłam byka za rogi i sama się jej nauczyłam.

W myśl zasady "Poznacie jej wartość po owocach"?

- Jak najbardziej. Dzięki temu jestem dzisiaj w Poznaniu, w Centrum NanoBioMedycznym, i przez cały czas zajmuję się transkryptomiką pojedynczej komórki (ang. single-cell RNA sequencing), tj. badaniem profilu ekspresji genów, ale z rozdzielczością do pojedynczej komórki.

Czym jest transkryptomika?

- Rozwijając pana słowa o owocach, to w tradycyjnej transkryptomice możemy to wyjaśnić na podstawie np. owocowego szejka. Robimy go i mamy zmiksowane wszystkie owoce. Potem mamy transkryptomike pojedynczej komórki, czyli np. sałatkę owocową, znamy poszczególne owoce i potrafimy np. rozdzielić borówkę od truskawki. Ostatni etap to transkryptomika przestrzenna, czyli nie dość, iż znamy poszczególne owoce, to jeszcze znamy ich położenie. Mając do czynienia z transkryptomiką pojedynczej komórki, pracujemy na sporym układzie danych, ponieważ na powierzchni każdej z tysięcy komórek jest kilka tysięcy genów, a to już spora praca, by wszystkie dane przeprocesować i obrobić.