Jan urodził się 6 stycznia 1500 r. w Almodóvar del Campo, w hiszpańskiej rodzinie szlacheckiej o korzeniach żydowskich. Już jako 14-latek podjął studia prawnicze na uniwersytecie w Salamance, a potem studiował filozofię i teologię w seminarium w Alcalá. Po śmierci rodziców rozdał majątek ubogim. Po przyjęciu święceń kapłańskich zaprosił do stołu na obiad prymicyjny dwunastu żebraków i osobiście im usługiwał.